Fertilità microbiologica
Nel presente progetto di ricerca sono utilizzati metodi di nuova generazione che prevedono il sequenziamento del gene 16S rRNA per la valutazione della diversità batterica nelle differenti tesi .
Dai campioni di suolo è estratto il DNA usando un apposito kit commerciale. Una porzione del gene che codifica per il 16S rRNA batterico (es. V3-V4) viene amplificata tramite reazione a catena della polimerasi (PCR) usando dei primers universali e saranno preparate le librerie per il sequenziamento, effettuato tramite piattaforma Illumina MiSeq. L’elaborazione bioinformatica delle sequenze ottenute viene effettuata tramite USEARCH o tramite DADA2. L’assegnazione tassonomica è effettuata confrontando le sequenze rappresentative con le sequenze contenute in un database di riferimento. I dati tassonomici sono quindi utilizzati per calcolare le abbondanze relative delle popolazioni microbiche presenti e saranno calcolati degli indici di biodiversità (es. Dice e Bray Curtis). Inoltre, sono previste analisi statistiche multivariate per individuare l’eventuale correlazione di specifiche popolazioni batteriche alle condizioni. Per correlare le tesi all’eventuale aumento della biomassa batterica nel suolo potranno essere effettuate delle PCR quantitative (qPCR) sul gene 16S rRNA usando primers universali ed, eventualmente, primers specifici per geni funzionali di interesse (es. geni coinvolti nel ciclo dell’azoto).
Ultimo aggiornamento
29.04.2022